山东省深基础工程协会成立于1992年，为山东省建管局主管下的一级协会。

2013年8月经第四次会员大会选举，山东省建管局纪委书记王克易任会长，协会由山东省地矿局换届到中国冶金地质总局山东局，挂靠在山东正元建设工程有限责任公司。

2015年，由于国家政策变更，协会与政府机构管理脱钩，当年组织了届中选举，由孙斌堂担任会长。2016年，协会召开第五次全体会员大会，协会领导班子连任一届，任期五年。

2021年7月，协会换届召开第六次全体会员大会，挂靠至山东大学土建与水利学院，李连祥教授任第六届协会会长。同年协会更名为“山东省深基础与地下工程协会”。